Да, шаблоны ASP.NET Boilerplate можно использовать исключительно для службы веб-API.
Например, выберите шаблон ASP.NET Core + Angular, который предоставляет вам:
+-- angular/
| +-- ...
| +-- src/
| +-- ...
|
+-- aspnet-core/
+-- ...
+-- src/
+-- ...
А затем просто игнорируйте папку angular .