Хорошо, оказывается, что это было не так уж и сложно ... Поработав немного, я наконец-то получил этот (рабочий) код:
editor.on('beforeCommandExec', function (event) {
if (event.data.name == 'superscript' && event.editor.commands.subscript.state == 1)
editor.execCommand('subscript');
else if (event.data.name == 'subscript' && event.editor.commands.superscript.state == 1)
editor.execCommand('superscript');
});