Вы должны поместить некоторые коды вашего скрипта в BeforeInstall или AfterInstall .
remove java -jar application.jar
BeforeInstall - это событие жизненного цикла развертывания можно использовать для задач предустановки, таких как расшифровка файлов и создание резервной копии текущей версии.,Установка - во время этого события жизненного цикла развертывания агент CodeDeploy копирует файлы редакции из временного расположения в конечную папку назначения.Это событие зарезервировано для агента CodeDeploy и не может использоваться для запуска сценариев. AfterInstall. Это событие жизненного цикла развертывания можно использовать для таких задач, как настройка приложения или изменение прав доступа к файлу. ApplicationStart. Обычно это событие жизненного цикла развертывания используется для перезапуска служб, остановленных во время ApplicationStop.
Затем создайте еще один сценарий bash для вашего ApplicationStart.Поместите строку, которую вы удалили ранее, в этот скрипт.