Функция xspline, на которой основан geom_xspline, обычно автоматически строит график с использованием graphics. Это привело к тому, что авторы пакета ggalt нашли несколько обходных путей, чтобы гарантировать, что он будет прекрасно работать с ggplot. Мои грубые решения включают создание или настройку geom или stat из ggplot без использования xspline. Это облегчает использование без большой предварительной обработки данных перед использованием ggplot.
(1) Новый stat с использованием splines
Использование spline для интерполяции точек вместо xspline.
# Create a new stat (adjusted from ggalt GitHub page)
stat_spline <- function(mapping = NULL, data = NULL, geom = "line",
position = "identity", na.rm = TRUE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE,
n=200, method = "fmm", ...) { # Just picking a rough default for n
layer(
stat = StatSpline,
data = data,
mapping = mapping,
geom = geom,
position = position,
show.legend = show.legend,
inherit.aes = inherit.aes,
params = list(n=n,
method=method,
na.rm = na.rm,
...
)
)
}
StatSpline <- ggproto("StatSpline", Stat,
required_aes = c("x", "y"),
compute_group = function(self, data, scales, params,
n=200, method = "fmm") {
tmp <- spline(data$x, data$y, n = n, method = method, ties = mean)
data.frame(x=tmp$x, y=tmp$y)
}
)
# Plot with ggarrange
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
stat_spline(mapping = aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_point()
ggpubr::ggarrange(myplot, myplot)
Этот метод не идеален, если вам нужны сплайны, похожие на Catmull-Rom, а не на Cubic; между контрольными точками видны большие изгибы.
(2) Новый geom с использованием xsplineGrob
Это слегка скорректированная версия geom_xspline2 из ggalt
# Create new geom based upon code from ggalt GitHub page
GeomXSpline3 <- ggproto("GeomXSpline3", Geom,
required_aes = c("x", "y"),
default_aes = aes(colour = "black", shape=-1, open=T),
draw_key = draw_key_point,
draw_panel = function(data, panel_params, coord) {
coords <- coord$transform(data, panel_params)
grid::xsplineGrob(
coords$x, coords$y,
shape = coords$shape,
open = coords$open[1],
gp = grid::gpar(col = coords$colour)
)
}
)
geom_xspline3 <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity",
position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,
inherit.aes = TRUE, ...) {
layer(
geom = GeomXSpline3, mapping = mapping, data = data, stat = stat,
position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes,
params = list(na.rm = na.rm, ...)
)
}
# Plot with ggarrange
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_xspline3(shape = -.25) + geom_point()
ggpubr::ggarrange(myplot, myplot)
Было несколько проблем с обеспечением того, что параметр формы все еще принимает входные данные в диапазоне от -1 до 1, однако, похоже, теперь это работает нормально с ggarrange.
Я использовал следующие ресурсы при написании этого решения: