Должно работать в соответствии с аннотацией:
<match fluent.**>
@type null
</match>
Например, для следующих настроек:
<match fluent.**>
@type file
path /var/log/internal/my-fluentd.log
compress gzip
</match>
Согласно документации, вы можете исключить эти журналы, используя эту конфигурацию:
exclude_path ["/var/log/internal/*.gz"]