AWS Ubuntu java.lang.ClassNotFoundException: Jama.Matrix - PullRequest
Новая
       16

AWS Ubuntu java.lang.ClassNotFoundException: Jama.Matrix

1 голос
/ 22 апреля 2019

Я пытаюсь запустить алгоритм кластеризации мутаций, описанный в

https://tinyheero.github.io/2015/08/26/TrAp.html

Запуск java -jar TrApWithDependencies.jar --text figure1.txt отлично работает на моем ноутбуке под управлением Windows 10, но не на AWS Ubuntu. Я хотел бы запустить его на своем экземпляре AWS, потому что алгоритм очень сильно потребляет ОЗУ и ему не хватит памяти для входных данных с 50 или более строками.

Запуск его на Ubuntu Server 18.04 LTS выдает мне следующую ошибку. Я считаю, что ключевая проблема с Jama.Matrix 

Exception in thread "main" java.lang.reflect.InvocationTargetException
    at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
    at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
    at java.base/jdk.internal.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
    at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:566)
    at org.eclipse.jdt.internal.jarinjarloader.JarRsrcLoader.main(JarRsrcLoader.java:58)
Caused by: java.lang.NoClassDefFoundError: Jama/Matrix
    at klugerlab.trap.data.Solution.fitClones(Solution.java:703)
    at klugerlab.trap.algo.MinimalClonesSolver.processTemplate(MinimalClonesSolver.java:168)
    at klugerlab.trap.algo.MinimalClonesSolver.completeSolutions(MinimalClonesSolver.java:204)
    at klugerlab.trap.algo.MinimalClonesSolver.runSolver(MinimalClonesSolver.java:250)
    at klugerlab.trap.algo.Solver.run(Solver.java:229)
    at klugerlab.trap.algo.Job.run(Job.java:97)
    at klugerlab.trap.TrApMain.main(TrApMain.java:120)
    ... 5 more
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: Jama.Matrix
    at java.base/java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:471)
    at java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:588)
    at java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:521)
    ... 12 more

У меня нет доступа к исходному коду, только файл .jar.

...