Вы должны передать указатель на структуру вместо самой структуры:
-(void) calculateScore:(struct qsTracker *) currentQs {
currentQs->points++;
currentQS->flagged = YES;
}
А потом:
[self calculateScore:&myCurentQs];
Поскольку currentQs
теперь является указателем, изменения, сделанные внутри метода, будут отражены вне метода.