Похоже, было другое правило, которое переопределяло все php-файлы и возвращало 404. Если вы используете bitnami nginx, отредактируйте следующий файл;
sudo vim /opt/bitnami/nginx/conf/bitnami/bitnami.conf
и комментарий
#include "/opt/bitnami/nginx/conf/bitnami/phpfastcgi.conf";
что составляет
location ~ "\.php$" {
fastcgi_index index.php;
if (!-f $realpath_root$fastcgi_script_name) {
return 404;
}
include /etc/nginx/conf/phpfastcgiparam.conf;
fastcgi_pass unix:/run/php7/php-fpm.sock;
}