БПФ, который вы разместили, был смещен, так что 0 находится в центре. Данные слева от центра представляют отрицательные частоты, а справа - положительные частоты. Если вы увеличите масштаб и посмотрите более внимательно, я думаю, вы увидите, что рядом с центром есть два пика, которые вы интерпретируете как один пик на 0. Просто глядя на положительную сторону, местоположение этого пика скажет вам, какой частота вносит значительный вклад в мощность сигнала.
Как вы сказали, ваша ось x, вероятно, неверна. scipy.fftpack.fftfreq
необходимо знать время между выборками (в секундах, я думаю) вашего сигнала во временной области, чтобы правильно определить полосу пропускания и создать массив по оси X в Гц. Это должно сделать это:
dt = 60 # 60 seconds between samples
freqs = fftpack.fftfreq(len(data),dt)