Нельзя прослушивать один и тот же порт UDP на одном хосте.
Итак, во втором контейнере, давайте использовать другой порт, например: 1235
docker run --rm -p 1235:5000/udp -it ffmpeg2
Или на одном хосте. Вы можете позвонить напрямую из контейнера, создав сеть
1) Создать новую сеть:
$ docker network create ffmpeg
2) Подключить контейнеры к сети
$ docker run --rm --name=ffmpeg --net=ffmpeg -it ffmpeg
$ docker run --rm --name=ffmpeg2 --net=ffmpeg -it ffmpeg
3) Теперь вы можете звонить напрямую из контейнера по имени контейнера ffmpeg, ffmpeg2