Я получаю то же исключение, что и вы, из-за того, что класс URL не принимает JavaScript: в качестве допустимого протокола.
Хотя есть обходной путь; предоставить URLStreamHandler для конструктора URL.
Пример:
final URLStreamHandler streamHandler = new URLStreamHandler() {
@Override
protected URLConnection openConnection(URL u)
throws IOException {
return null;
}
};
try {
getAppletContext().showDocument(
new URL(null, "javascript:alert('It works!');", streamHandler));
} catch (MalformedURLException me) {
//log or whatever
}