Проверка фактической папки, выделенной в сообщении об ошибке:
/mnt/STUFF/py36/lib/python3.6/site-packages/~ornado
Я обнаружил, что там находился еще один из этих .fuse-hidden...
файлов, который обычно находится в то время, когда я использую Geany (текстовый редактор) в своих папках во время его работы, которые затем исчезают после того, как я сохраню файлы и я обновить мою папку. Так или иначе такой файл был создан здесь и никогда не был удален. Обратите внимание, что это может быть вина моей ОС, а не Джани - IDK. В любом случае, я удалил файл сам и выполнил команду обновления, и на этот раз ошибок не было.