Пока файл Readme.Rmd был включен в проект, Rstudio не могла перейти на github, но продолжала сообщать, что все файлы были обновлены, хотя на самом деле они были устаревшими.
Единственным успешным решением было извлечь файл Readme.Rmd из проекта и спрятать его для дальнейшего использования.
Это не проблема кодирования, скажем так, но я попытался включить и не включить Readme.Rmd как в файл buildignore, так и в файл gitignore.
Сокрытие файла закончило часы разочарования. Я просто хотел поделиться этим, чтобы помочь другим и как-то рассказать об этой очевидной ошибке. Любые другие предложения?