Я давно не использовал JPA, но, похоже, ваш запрос возвращает массив Object []
Тогда подпись вашего метода должна быть:
@Query("select f.id, f.version, f.name, f.totalSize, f.createdAt " +
"from FileItem f " +
"where f.id = ?1 and f.version = ?2")
Object[] findByFileIdAndVersion(UUID id, Long version);
В противном случаеесли вы хотите сохранить подпись вашего метода:
@Query("select f " +
"from FileItem f " +
"where f.id = ?1 and f.version = ?2")
List<FileItem> findByFileIdAndVersion(UUID id, Long version);
Другое решение:
@Query("select new com.mycompany.mypackage.MyDTO(f.id, f.version, f.name, f.totalSize, f.createdAt) " +
"from FileItem f " +
"where f.id = ?1 and f.version = ?2")
MyDTO findByFileIdAndVersion(UUID id, Long version);
Где MyDTO - это пользовательский Java-бин, который вы пишете для своих нужд.