Конда - менеджер пакетов, как и pip. Но conda также управляет средами Python, которые используются для запуска вашего кода. Если вы удалите conda, очень вероятно, что он удалит все ваши текущие пакеты.
После переустановки я рекомендую использовать для своих пакетов только conda или pip, но не оба одновременно, а также использовать conda для управления средой.
Для каждого вида проектов вы должны создать новую среду Python, запустив
conda create -n my-new-environment python=3
#example
И только установка ваших пакетов с помощью pip или conda.
Таким образом, каждая среда питона не загрязняется другими, и вы рискуете потерять все, если одна среда выйдет из строя.
Для получения дополнительной информации о средах Python я рекомендую вам прочесть документацию Python по следующим темам: https://docs.python.org/3/tutorial/venv.html