Специфичные для проекта настройки обычно находятся в каталоге .settings
в папке проекта.Это должно быть импортировано.
Ничего не нужно устанавливать для непроектных предпочтений (и я не думаю, что импорт должен делать это в любом случае).
Возможно, Eclipse CDT имеет дополнительные опции- Я не пользуюсь CDT, поэтому не могу сказать.