Если вы используете apollo-server-express, вы можете создать несколько экземпляров ApolloServer и applyMiddleware для экспресс-приложения.
const app = express();
// create server1, server2 with its schema
// then
server1.applyMiddleware({ app, path: '/auth/graphql' });
server2.applyMiddleware({ app, path: '/graphql' });