Для этого перейдем к псевдо-логике.
Сохраните скрытую переменную со всеми значениями флажков.
например
<input type="hidden" value="1,2,3,4,5,6,7,8,9" name="allCheckboxes"/>
Inотправьте форму, вы уже получаете проверенные значения.
Скажем, вы получаете 5,7,9
как проверено.-> Present
Затем вам нужно 1,2,3,4,6,8
как не проверено.-> Absent
Этого можно добиться с помощью операций с массивами и строками между allCheckboxes
и установленными флажками.