Получите свою работу в какой-то системе контроля версий, затем, когда вы переходите с компьютера на компьютер, вы просто обновляете данные с центрального сервера, и он так же, как вы его оставили.
Это не имеет значения для IDE, поскольку вы сохраняете только файл .tex, как отмечено выше. Если вы хотите использовать тот же редактор, для большей последовательности используйте texmaker.