Это очень широкий вопрос, ответ на весь вопрос будет нет - использование медийных запросов не является непрофессиональным, они являются фундаментальной частью гибкого процесса разработки. Вопрос становится немного измученным, когда вы упоминаете, что используете bootstrap.
Как уже упоминалось, Bootstrap также использует медиазапросы: https://getbootstrap.com/docs/4.3/layout/overview/
Поскольку у нас нет контекста или дизайна, трудно предположить, будет ли у вас нормально работать с существующими медиазапросами, встроенными в Bootstrap, или вам нужно будет определить свой собственный.
Возможно, человек, с которым вы разговаривали, сказал, что было непрофессионально использовать пользовательские медиа-запросы вместо встроенных в них загрузчиков. Что опять трудно судить, не видя код / дизайн. Я бы сказал, что непрофессионал - это неправильный выбор слов - если вы пытаетесь оптимизировать свой веб-сайт на мобильном устройстве, то, вероятно, это больше вопрос о том, является ли это наиболее эффективной задачей при создании пользовательских медиа-запросов вместо использования @include media-breakpoint-up(sm) { ... }
один.
Но снова возьмите мой ответ с щепоткой соли, потому что в этом вопросе нет реального контекста. Веб-разработка - это постоянный процесс обучения, всегда найдется кто-то, кто скажет вам, что то, что вы делаете, не является правильным способом.