Это нормальное и ожидаемое поведение. По сути, вы хотите всегда иметь предсказуемое состояние в рабочем каталоге после клона. Если хранилище B обновлено, вам нужно вручную извлечь и объединить эти обновления, затем проверить, что оно по-прежнему хорошо работает с вашим основным хранилищем A, а затем вы можете зафиксировать в хранилище A информацию «Подмодуль сейчас находится на коммите XXX».
Это позволяет избежать нежелательного поведения, если в репо Б были внесены изменения, которые вы не заметили. Если подмодуль всегда указывал на «последний коммит», вы не могли быть уверены, что ваш проект A всегда синхронизирован с подмодулем B.