Если вам нужно использовать отладчик в JSP, очень велики шансы, что вы делаете в JSP то, чего не должно быть. Я рекомендую вам очень серьезно задуматься о том, использует ли ваша текущая реализация хорошую практику проектирования MVC. JSP действительно должны быть посвящены представлению, которое редко (если вообще требуется) требует отладки.
Если у вас есть определенные логические конструкции, которые вы должны реализовать в JSP, рассмотрите возможность их реализации с помощью пользовательского тега (который легко отладить в IDE), или выполните обработку в сервлете контроллера, который представляет данные в простом виде. переварить форму для JSP.