Для логических значений вы можете использовать option
:
option(CUSTOMIZABLE_VAR "This variable do stuff" "default-value")
Также в приложениях с графическим интерфейсом, предоставляющих такие опции, как CMake GUI или QtCreator, вы получите описание и поле для его редактирования.
Для значения типа string вы можете установить значение кэша с помощью строки помощи:
set(CUSTOMIZABLE_VAR "8" CACHE STRING "This option is a string")