Я не уверен, как это сделать из пользовательского интерфейса, но вы можете удалить ненужные значения из <user_home>\.Intellij<version>\config\options\options.xml в имени свойства grails.command.history.
Просто удалите ненужные значения и перезапустите приложение.
<property name="grails.command.history" value="clean" />
Вы также можете просто удалить всю строку grails.command.history, которая удалит все записи.