Похоже, ваш каталог с именем 'back-end' в ветке, созданной из мастера, но не был добавлен, поэтому git не отслеживал изменения. В результате, когда вы фиксируете изменения, фиксируются только отслеженные файлы, которые уже были добавлены на этапе git.
Вам необходимо добавить все вновь созданные файлы с помощью команды git add.
-Надеюсь, это поможет очистить вашу путаницу.