Одним из способов было бы использование #if #endif операторов. Вам необходимо использовать #define или поместить символ в проект (в разделе «Настройки проекта», «Условные символы компиляции»). Только когда символ присутствует во время сборки, эта часть кода будет построена. Другая часть больше недоступна. Я думаю, что вы можете сделать собственную конфигурацию решения для каждого клиента со своими символами. Создание каждой конфигурации отдельно, дает вам собственную DLL для каждого клиента.
Как вы доставляете эти dll своим клиентам, это ваша проблема. Были бы идеальными собственные настройки для каждого клиента, но вы можете изменить настройки, но я не имею понятия о сложных настройках.
Есть способ установить эти символы снаружи. У нашей компании есть собственное приложение, которое запускается против нас, со всеми необходимыми конфигами. Я только знаю, что мы помещаем переменную в проекты cs, и они заполняются заранее.