Вы можете использовать функцию coalesce в Postgres:
db.model.findAll({
order: [ [ sequelize.fn('COALESCE', 'updated_at', 'created_at '), 'DESC' ]]
}).then(function(data){
});
Функция coalesce проверяет, является ли первый аргумент нулевым.Если нет, он возвращает его, иначе он возвращает второй аргумент.Если аргументов больше двух, цепочка нулевых проверок.