Это может быть связано с тем, что Jython не читает пакеты Python с того места, где вы могли установить их в Python через CLI.
Один из способов решения вашей проблемы - установить Paramiko во время выполнения кода:
PythonInterpreter interp = new PythonInterpreter();
interp.exec("from pip._internal import main as pip_main");
interp.exec("pip_main(['install', 'paramiko'])")
interp.exec("import paramiko");
или
PythonInterpreter interp = new PythonInterpreter();
interp.exec("from pip import main as pip_main");
interp.exec("pip_main(['install', 'paramiko'])")
interp.exec("import paramiko");
См. Установка модуля Python в коде , чтобы узнать больше способов установки пакетов в коде в зависимости от вашей версии Python. Вышесказанное должно сработать для Python 2.7, на котором, как я полагаю, основан Jython.