Правило будет:
=$B1="Y"
«Применяется к диапазону»:
=$C$1:$C$1000
Примечание: вы можете изменить начальную строку на любую, какую захотите. Просто убедитесь, что правило и примененный диапазон начинаются в одной и той же строке, иначе он будет отключен.