Вы можете найти строку и взять остальное.Возможно, лучше отсортировать массив шаблонов по убыванию длины, потому что он сначала находит самую длинную строку.
var matchCodFisc = ["C.F.", "CF", "Cod.Fisc.", "C.F"],
string = "Cod.Fisc.FGDTFR34L16G643W",
found = matchCodFisc
.sort((a, b) => b.length - a.length)
.find(s => string.startsWith(s)),
result = [found, string.slice(found.length)];
console.log(result);