При установке R мне нравится создавать каталог библиотеки R, который не будет удален при обновлении пакетов. Я делаю это:
mkdir ~/Rlibs
Затем я редактирую свой .Renviron с помощью этих команд:
file.edit(file.path("~", ".Renviron")) # in R
R_LIBS=~/Rlibs # in the file body for Ubuntu Linux
R_LIBS=C:/Users/user/Documents # in the file body for Windows
Я периодически обновляю все свои пакеты через update.packages(ask = FALSE, checkBuilt = TRUE) и tinytex::tlmgr_update().
Большинство моих нескольких десятков пакетов обновляются нормально. Но некоторые выдают предупреждение в виде строки "/ Каталог Rlibs не может быть записан, вы хотите использовать вместо этого личный каталог, да / нет / отмена" .
Я всегда выбираю "да" но я бы хотел знать, что происходит. И есть ли способ обойти эту проблему?