Вы должны строить под каждую конфигурацию.
Помните, что если бы вы использовали все условно скомпилированные разделы одновременно, вполне вероятно, что он не будет собираться, т.е. если отладка использует a, если не использует b.
Вам не нужно делать это вручную, хотя при этом двойное время компиляции - ужасная вещь.