Вы не можете напрямую выбирать столбцы, которые не идут после предложения group by.
Причина в том, что когда вы группируете по любому столбцу, например entry_id, у вас будет по одной строке для каждого entry_id. Но у каждого entry_id есть много строк в исходной таблице со многими различными значениями в других столбцах.
Следовательно, вам нужно указать в запросе, как объединять столбцы, которые не являются столбцами, по которым вы решили сгруппировать.
Вы можете объединить их с помощью COUNT (...) или SUM (...) или многих других функций.
Решение будет примерно таким:
SELECT products_products_related.entry_id, MAX(Column1), MIN(Column2) /*etc...*/
FROM products_products
INNER JOIN products_products_translations on products_products.id = products_products_translations.entry_id
INNER JOIN products_products_related on products_products.id = products_products_related.entry_id
INNER JOIN upload_files on products_products_related.related_id = upload_files.related_id
WHERE products_products_translations.locale = 'tr'
GROUP BY products_products_related.entry_id;