Кажется, FNH сбит с толку, потому что вы, кажется, отображаете один и тот же объект (ChildEntity) на две разные таблицы, если я не ошибаюсь.
Если вам не нужно разделять два списка, возможно, использование различающего значения для каждого из ваших списков решит проблему. Ваш первый список ChildEntity будет привязан к значению распознавания A, а вы, например, к различающему значению B.
В противном случае, я бы, возможно, выбрал производный класс вашего ChildEntity, но не имел бы того же имени ChildEntity.
IList<ChildEntity> ChildEntities
IList<IncludedChildEntity> IncludedChildEntities
И оба ваших класса объектов будут идентичными.
Если вы говорите, что это работает с NH, то это может быть ошибкой, как уже говорилось. Однако вы можете смешивать сопоставления XML и AutoMapping с FNH. Так что, если это работает в NH, это, возможно, будет моим предпочтением. Но думаю, что этот обходной путь должен сделать это.