Я не могу представить себе причину, по которой вам нужно это сделать, поскольку Версия модели и Версия инструментов должны быть не связаны и ортогональны.
У меня есть10-летнее приложение для Mac, документ Core Data, который я всегда создавал с использованием новейшего XCode, но никогда не пытался изменить Версия инструментов в его единой модели данных, которая содержит 28 сущностей и множествоотношения.Еще 30 минут назад его Версия инструментов была Xcode 3.2 , как и ваша.Чтобы доказать свою точку зрения, я изменил только Версия инструментов на Автоматически (Xcode 9.0) , сделал Очистить папку сборки , затем протестировал, собрал и запустил.Он прошел мой тестовый набор, запущен нормально, открывает документы, сохраняет изменения.Никаких проблем не найдено.Все отлично работаетЯ планирую зафиксировать это изменение и отправить следующую версию с ним.