Так что все оказалось просто:
Чтобы переопределить файл, мне нужно было изменить поле config
записи stripe_checkout в таблице sylius_gateway_config
базы данных Sylius, как показано ниже.
UPDATE sylius_gateway_config SET config='{"publishable_key":"TEST_KEY","secret_key":"SECRET_KEY","payum.template.obtain_token":"SyliusPayumBundle::obtainCheckoutToken.html.twig","payum.template.layout":"SyliusPayumBundle::layout.html.twig"}' WHERE id=2
в моем случае идентификатор записи был 2.
SyliusPayumBundle::obtainCheckoutToken.html.twig
и SyliusPayumBundle::layout.html.twig
- новые переопределяющие файлы.
Вопрос в том, почему ключи не шифруются в базе данных, и я думаю, что не рекомендуется использовать конфигурацию переопределения на уровне базы данных.