Аргументы командной строки не являются исходным кодом Java, поэтому правила значения символов в исходном коде Java не применяются.
Интерпретация или нет аргументов командной строки - это область интерпретатора команд; Ява не лечится специально. Например, \ n не подставляется внутри строки в кавычках в большинстве (всех?) Оболочек Linux:
$ echo 'a \n b'
a \n b
Вне кавычек обратный слеш-n означает буквально n, что точно так же, как и n, поскольку n не имеет никакого отношения к оболочке.
$ echo a\nb
anb
Конечно, система Java может применять свою собственную обработку после интерпретатора команд, но большинство пользователей Linux сочтут это запутанным; Java-команды будут работать непоследовательно по сравнению с другими командами.