Не удалось найти пакет Louvain Python в R

Question

Я пытаюсь использовать новую программу monocle3 в R (версия 3.6) и пытаюсь использовать функцию cluster_cells, которая использует обнаружение сообщества Лувена. Когда я пытаюсь запустить приведенный ниже код, он не работает.

Я уверен, что правильно установил Louvain на свой Mac, используя anaconda в моем терминале.

cds <- cluster_cells (cds, разрешение = c (10 ^ seq (-6, -1))) Ошибка в значении [3L]: Не удалось найти пакет Python louvain. Пожалуйста, передайте домашний каталог python, где установлен louvain с аргументом python_home. </p>

Answer 1

Я встретил ту же проблему и решил conda_install.

Сначала убедитесь, что py_config показывает путь к вашей r-reticulate среде

> py_config()
python:         /anaconda3/envs/r-reticulate/bin/python
libpython:      /anaconda3/envs/r-reticulate/lib/libpython3.7m.dylib
pythonhome:     /anaconda3/envs/r-reticulate:/anaconda3/envs/r-reticulate
version:        3.7.1 (default, Oct 23 2018, 14:07:42)  [Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)]
numpy:          /anaconda3/envs/r-reticulate/lib/python3.7/site-packages/numpy
numpy_version:  1.16.4
umap:           /anaconda3/envs/r-reticulate/lib/python3.7/site-packages/umap

python versions found: 
 /anaconda3/envs/r-reticulate/bin/python
 /usr/bin/python
 /usr/local/bin/python
 /usr/local/bin/python3

Затем установите louvain в R на conda_install

conda_install(envname = "r-reticulate", packages="louvain")