Если ваши модули довольно четко разделены (логически и / или функционально), я считаю полезным организовать мое репозиторий svn следующим образом:
module1 (eclipse proj1)
-- trunk
-- branches
-- tags
module2 (eclipse proj2)
-- trunk
-- branches
-- tags
Поначалу это может показаться излишним (особенно если модули небольшие), но я считаю полезным попытаться поддерживать взаимно-однозначное отношение между каждой структурой dir "trunk, ветвления и теги" в svn и каждым проект затмения. Это позволяет мне помечать каждый модуль как отдельную версию (при необходимости) и прекрасно интегрируется со скриптами сборки.
Если ваши модули не разделены логически, вы можете объединить их в один; -)