Я столкнулся с той же проблемой. После некоторых проб и ошибок я обнаружил, что версия 1.5.4 opendaylight-startup-archetype в org.opendaylight.controller по крайней мере создает правильные папки.
К сожалению, его создание приводит к ошибкам в артефактах, функциях и файлах карафа .pom. Но, возможно, это продвинет вас немного дальше.