Python цикл по файлу и создание списка из нескольких строк - PullRequest
Новая
       34

Python цикл по файлу и создание списка из нескольких строк

1 голос
/ 27 июня 2019

Итак, у меня есть файл ДНК для быстрого доступа Он имеет следующий формат: ( Входное изображение )

Rosalind_8728 ATGGAGCCGCACATATAACGGTAAATGCAAAGAAACAGTTCGGGAAAGATATTCAACCAA GGCAACTTCCTGCACTCGTCGCGGGCACGTAGGGAGCCTGACCATCCCTACCCAGACTGT CCCCGATCAGCGAACGGGCCATGCGCTATCAGGTCGATCTAGCACTTGGTAAGTTACGCC AGCTGTACTGAAACAATGCCCGTAGTGACTGAGACGCCAGGGAAAAGGGGATTAAAGCTA TGGTAGCCAATCGTCCTAACCTCTAGCCCGCCTGGTATGTAAGAACAAGACATCAGAGAT ATAGAGGCAGACCGGACCTGCAAGCCGGTCACCTGTGGCTCCCGACAAATGTGGCGTTTA GCTTATGCAAGACCGAAGCTTAGAACCAAGTCGGCTTCGTACCCCTTCTTACCTGTCCAC TGCAGTGTTTTGCCTGGATCCGGGTGCGCGTGGCACGAGATCTGCTGAGAAGCTATGAAC AATCAAATGTGTAGCCCGCTTACGAAGAATCCAGCCCTGAATTCGGGGGCCAGTCTTCGC CGAACTCCCCCTATTGAGTGGTAAAGTGTGTGACTCCTAGTCTTTTCACCCGAGTCGTTG AATTGTTAGGCTACAGATTTCGCATAGCCCTGATCCAAGCCTTTCTCTGAAAAGATGCGA CCTGCATCACTAAGGCCAACCGTGTGTCTCTCCGACATTACGGCAGTGCCACTGATCGCT CACGAACTTGGGAAGCCCCAAAAACTCACATGAGTATGTAGGGCAGTTTTATAGGCTGGG CCCACCCACTTGGTTAGCAAATGGCGCCTGCTCAGAACTCCTTTTACGTAAGTGGTCCCA GTGTGATGGGTCGAGTGAACAAACAAATGTTGACAATTTGCCTCGGGGTTA

Rosalind_6085 CGGATCTGCGTACGGTTGCGTATCCCGTTCAAATGCTCCATCACTCATCACGGAGCCACG TTCCGACCTGCCCACATCTGCGTCTAATACCACGCCAGTACTTACCACGCCGCTGGGTCT TCGAGAACGAGGCTGAATGGGTTTCCGGGGGTGGGAAAGTAATACAAGCGTCATTCGTGA ACTGGGACCATGTCATCTGGCGAAGCTATAGTGCGATCGAACTAAACGCTAATACGTCGA AACAGTCTATGGCCGTGAACTTTCTCTAGAGGGTAGGGTTCTTAGCCCCGCCTATTACTT GAACGGATATCAAAGACAGACTTAGCATCTCTGTACCCGCCCTACTGTTGCTTCAAGTCA TGCGGAGATTTGTGGGAGCTTGGTCACCTATCGGGCACATCCAGAATGGTCTTTCTCGTA GGTTGAAACAGCCGGGATGCACGTGTGTTTTGTAGGCAAATATAGTGTTTCCGGTGCTAA CTAGATTGAGGCAACTCCTATGCCAGAGCATACGGATAGAGACCGAATTGTTTATATGTG CGTTTACCCGATCAGATGCAGTACTTTGGTGGGCAATTTTAGTGAATTGCTCACGTGTTT TAATAACCGGTCCAAGGTTACCTCCCGCCACGTCATAGAGAAATGGGGGAGTATAGAGAG GTAGCTTCTTTCCACACTTGCTTCGAAAAGTGGCCCTCCCTAGGCCACTCCAGATCACTT CCCTCGCAGCCGATACTTTAAATCTGTTCTCGACTGGTTTAACGTTTTGAGCGAGATTGT GCAGGTCTATCGTCGAGTTTTAGGAGAAACCGTGGCTGTCTCAAACCGGTAGCGACCAAG TAACTTGTGTGGTGTGGCGCGTACCCCTTTTCCTTTCCGACAACACTGTACCCCTAGATA TAGTGGAATCAGTGAATCAAGATCTACCGGGAATAGACACTCGCTTGAGAAAACATTTCC

В конечном счете, я хочу увидеть, какая из этих Розалинда имеет ДНК с наибольшим количеством G и C. Таким образом, мой мыслительный процесс составляет список тегов id, а затем список всех ДНК, связанных с ним. Затем поместите их в словарь и создайте функцию для определения максимальной концентрации букв GC. Проблема в том, что, когда я добавляю строки из нескольких букв, я получаю список с каждой строкой, разделенной символом ',' вместо 1 списка, содержащего ВСЕ строки ниже rosalind_id_tag, а затем разделяю их символом ',', если это новый тег.

Итак, в конечном итоге я хочу: 

dna = [list of letters from first random_id, list of letters from second_random_id, ...]

вместо того, что я получаю, что: 

dna = [this is first line, this is second line, this is third line,..]

Я пытался расширить, но это не сработало.

Я попытался создать вложенные списки и добавить их в свой основной список ДНК.

Мой код (который работает): 

file = open("rosalind_gc.txt", "r")


data = file.readlines()

rosalindtags = []

dna = []


for a in data:

    if a.startswith(">"):

        rosalindtags.append(a.rstrip())

    else:

       dna.append(a.rstrip())

dictionary = dict(zip(rosalindtags, dna))

file.close()

Я знаю, что упускаю что-то тривиальное, но я просто не знаю, что это такое. Любая помощь приветствуется, спасибо!

Ответы [ 3 ]

1 голос
/ 27 июня 2019

Для более основанного на биоинформатике подхода вы также можете попробовать загрузить biopython, который имеет расширение для чтения файлов fasta непосредственно из SwissProt. 

from Bio import SeqIO, ExPASy

protein_name = "Rosalind_6085"
with ExPASy.get_sprot_raw(protein_cleaned) as handle:
     seq_record = SeqIO.read(handle, "swiss")

proteinseq = seq_record.seq

Отсюда proteinseq будет строкой, которую вы можете сравнить с другими строками.

1 голос
/ 27 июня 2019

Проблема в том, что для каждого идентификатора есть одна строка, но несколько строк ДНК.При создании rosalindtag вы можете добавить пустую строку к dna.Когда вы встречаете линию ДНК, вы можете добавить ее к последнему элементу dna: 

file = open("rosalind_gc.txt", "r")
data = file.readlines()
rosalindtags = []
dna = []

for a in data:
    if a.startswith(">"):
        rosalindtags.append(a.rstrip())
        dna.append('')
    else:
        dna[-1] = dna[-1] + a.rstrip()

dictionary = dict(zip(rosalindtags, dna))
file.close()

dictionary, то есть: 

{'>Rosalind_8728': 'ATGGAGCCGCACATATAACGGTAAATGCAAAGAAACAGTTCGGGAAAGATATTCAACCAAGGCAACTTCCTGCACTCGTCGCGGGCACGTAGGGAGCCTGACCATCCCTACCCAGACTGTCCCCGATCAGCGAACGGGCCATGCGCTATCAGGTCGATCTAGCACTTGGTAAGTTACGCCAGCTGTACTGAAACAATGCCCGTAGTGACTGAGACGCCAGGGAAAAGGGGATTAAAGCTATGGTAGCCAATCGTCCTAACCTCTAGCCCGCCTGGTATGTAAGAACAAGACATCAGAGATATAGAGGCAGACCGGACCTGCAAGCCGGTCACCTGTGGCTCCCGACAAATGTGGCGTTTAGCTTATGCAAGACCGAAGCTTAGAACCAAGTCGGCTTCGTACCCCTTCTTACCTGTCCACTGCAGTGTTTTGCCTGGATCCGGGTGCGCGTGGCACGAGATCTGCTGAGAAGCTATGAACAATCAAATGTGTAGCCCGCTTACGAAGAATCCAGCCCTGAATTCGGGGGCCAGTCTTCGCCGAACTCCCCCTATTGAGTGGTAAAGTGTGTGACTCCTAGTCTTTTCACCCGAGTCGTTGAATTGTTAGGCTACAGATTTCGCATAGCCCTGATCCAAGCCTTTCTCTGAAAAGATGCGACCTGCATCACTAAGGCCAACCGTGTGTCTCTCCGACATTACGGCAGTGCCACTGATCGCTCACGAACTTGGGAAGCCCCAAAAACTCACATGAGTATGTAGGGCAGTTTTATAGGCTGGGCCCACCCACTTGGTTAGCAAATGGCGCCTGCTCAGAACTCCTTTTACGTAAGTGGTCCCAGTGTGATGGGTCGAGTGAACAAACAAATGTTGACAATTTGCCTCGGGGTTA',
 '>Rosalind_6085': 'CGGATCTGCGTACGGTTGCGTATCCCGTTCAAATGCTCCATCACTCATCACGGAGCCACGTTCCGACCTGCCCACATCTGCGTCTAATACCACGCCAGTACTTACCACGCCGCTGGGTCTTCGAGAACGAGGCTGAATGGGTTTCCGGGGGTGGGAAAGTAATACAAGCGTCATTCGTGAACTGGGACCATGTCATCTGGCGAAGCTATAGTGCGATCGAACTAAACGCTAATACGTCGAAACAGTCTATGGCCGTGAACTTTCTCTAGAGGGTAGGGTTCTTAGCCCCGCCTATTACTTGAACGGATATCAAAGACAGACTTAGCATCTCTGTACCCGCCCTACTGTTGCTTCAAGTCATGCGGAGATTTGTGGGAGCTTGGTCACCTATCGGGCACATCCAGAATGGTCTTTCTCGTAGGTTGAAACAGCCGGGATGCACGTGTGTTTTGTAGGCAAATATAGTGTTTCCGGTGCTAACTAGATTGAGGCAACTCCTATGCCAGAGCATACGGATAGAGACCGAATTGTTTATATGTGCGTTTACCCGATCAGATGCAGTACTTTGGTGGGCAATTTTAGTGAATTGCTCACGTGTTTTAATAACCGGTCCAAGGTTACCTCCCGCCACGTCATAGAGAAATGGGGGAGTATAGAGAGGTAGCTTCTTTCCACACTTGCTTCGAAAAGTGGCCCTCCCTAGGCCACTCCAGATCACTTCCCTCGCAGCCGATACTTTAAATCTGTTCTCGACTGGTTTAACGTTTTGAGCGAGATTGTGCAGGTCTATCGTCGAGTTTTAGGAGAAACCGTGGCTGTCTCAAACCGGTAGCGACCAAGTAACTTGTGTGGTGTGGCGCGTACCCCTTTTCCTTTCCGACAACACTGTACCCCTAGATATAGTGGAATCAGTGAATCAAGATCTACCGGGAATAGACACTCGCTTGAGAAAACATTTCCTC'}

Обратите внимание, что этот подход потребуетмного памяти, если вы читаете большой файл.

Вот одна альтернатива, которая читает файл построчно и сохраняет только количество букв в памяти: 

from collections import Counter

rosalin_id = None
dna = {}

with open("rosalind_gc.txt") as rosalin_f:
    for line in rosalin_f:
        if line.startswith(">"):
            rosalin_id = line.rstrip()
            dna[rosalin_id] = Counter()
        else:
            dna[rosalin_id] += Counter(line.rstrip())

dna

Возвращает: 

{'>Rosalind_8728': Counter({'A': 228, 'T': 202, 'G': 225, 'C': 236}),
 '>Rosalind_6085': Counter({'C': 236, 'G': 237, 'A': 231, 'T': 258})}
0 голосов
/ 27 июня 2019

Хорошо, давайте представим, что мы прочитали его из файла и сохранили результаты в data, чтобы мы могли видеть, с чем имеем дело: 

data = """>Rosalind_8728
ATGGAGCCGCACATATAACGGTAAATGCAAAGAAACAGTTCGGGAAAGATATTCAACCAA
GGCAACTTCCTGCACTCGTCGCGGGCACGTAGGGAGCCTGACCATCCCTACCCAGACTGT
CCCCGATCAGCGAACGGGCCATGCGCTATCAGGTCGATCTAGCACTTGGTAAGTTACGCC
AGCTGTACTGAAACAATGCCCGTAGTGACTGAGACGCCAGGGAAAAGGGGATTAAAGCTA
TGGTAGCCAATCGTCCTAACCTCTAGCCCGCCTGGTATGTAAGAACAAGACATCAGAGAT
ATAGAGGCAGACCGGACCTGCAAGCCGGTCACCTGTGGCTCCCGACAAATGTGGCGTTTA
GCTTATGCAAGACCGAAGCTTAGAACCAAGTCGGCTTCGTACCCCTTCTTACCTGTCCAC
TGCAGTGTTTTGCCTGGATCCGGGTGCGCGTGGCACGAGATCTGCTGAGAAGCTATGAAC
AATCAAATGTGTAGCCCGCTTACGAAGAATCCAGCCCTGAATTCGGGGGCCAGTCTTCGC
CGAACTCCCCCTATTGAGTGGTAAAGTGTGTGACTCCTAGTCTTTTCACCCGAGTCGTTG
AATTGTTAGGCTACAGATTTCGCATAGCCCTGATCCAAGCCTTTCTCTGAAAAGATGCGA
CCTGCATCACTAAGGCCAACCGTGTGTCTCTCCGACATTACGGCAGTGCCACTGATCGCT
CACGAACTTGGGAAGCCCCAAAAACTCACATGAGTATGTAGGGCAGTTTTATAGGCTGGG
CCCACCCACTTGGTTAGCAAATGGCGCCTGCTCAGAACTCCTTTTACGTAAGTGGTCCCA
GTGTGATGGGTCGAGTGAACAAACAAATGTTGACAATTTGCCTCGGGGTTA
>Rosalind_6085
CGGATCTGCGTACGGTTGCGTATCCCGTTCAAATGCTCCATCACTCATCACGGAGCCACG
TTCCGACCTGCCCACATCTGCGTCTAATACCACGCCAGTACTTACCACGCCGCTGGGTCT
TCGAGAACGAGGCTGAATGGGTTTCCGGGGGTGGGAAAGTAATACAAGCGTCATTCGTGA
ACTGGGACCATGTCATCTGGCGAAGCTATAGTGCGATCGAACTAAACGCTAATACGTCGA
AACAGTCTATGGCCGTGAACTTTCTCTAGAGGGTAGGGTTCTTAGCCCCGCCTATTACTT
GAACGGATATCAAAGACAGACTTAGCATCTCTGTACCCGCCCTACTGTTGCTTCAAGTCA
TGCGGAGATTTGTGGGAGCTTGGTCACCTATCGGGCACATCCAGAATGGTCTTTCTCGTA
GGTTGAAACAGCCGGGATGCACGTGTGTTTTGTAGGCAAATATAGTGTTTCCGGTGCTAA
CTAGATTGAGGCAACTCCTATGCCAGAGCATACGGATAGAGACCGAATTGTTTATATGTG
CGTTTACCCGATCAGATGCAGTACTTTGGTGGGCAATTTTAGTGAATTGCTCACGTGTTT
TAATAACCGGTCCAAGGTTACCTCCCGCCACGTCATAGAGAAATGGGGGAGTATAGAGAG
GTAGCTTCTTTCCACACTTGCTTCGAAAAGTGGCCCTCCCTAGGCCACTCCAGATCACTT
CCCTCGCAGCCGATACTTTAAATCTGTTCTCGACTGGTTTAACGTTTTGAGCGAGATTGT
GCAGGTCTATCGTCGAGTTTTAGGAGAAACCGTGGCTGTCTCAAACCGGTAGCGACCAAG
TAACTTGTGTGGTGTGGCGCGTACCCCTTTTCCTTTCCGACAACACTGTACCCCTAGATA
TAGTGGAATCAGTGAATCAAGATCTACCGGGAATAGACACTCGCTTGAGAAAACATTTCC
TC"""

lines = data.splitlines(False)

d = {}
n = len(lines)
i = 0
while i < n:
    line = lines[i]
    if line[0] == ">":
        id = line
        i += 1
        dna = ''
        while i < n:
            line = lines[i]
            if line[0] != '>':
                dna += line
                i += 1
            else:
                break
        d[id] = dna
    else:
        # unexpected, so skip until you find a tag
        i += 1

for k, v in d.items():
    print(k, ':', v, "\n", sep='')

Вывод будет (с разделением строкиз-за моего исправления с консолью): 

>Rosalind_8728:ATGGAGCCGCACATATAACGGTAAATGCAAAGAAACAGTTCGGGAAAGATATTCAACCAAGGCAACTTCCTGCACTCGTCGCGGGCACGTAGGGAGCCTGACCATCCCTACCCAGACTGTCCCCGATCAGCGAAC
GGGCCATGCGCTATCAGGTCGATCTAGCACTTGGTAAGTTACGCCAGCTGTACTGAAACAATGCCCGTAGTGACTGAGACGCCAGGGAAAAGGGGATTAAAGCTATGGTAGCCAATCGTCCTAACCTCTAGCCCGCCTGGTATGTAAGAA
CAAGACATCAGAGATATAGAGGCAGACCGGACCTGCAAGCCGGTCACCTGTGGCTCCCGACAAATGTGGCGTTTAGCTTATGCAAGACCGAAGCTTAGAACCAAGTCGGCTTCGTACCCCTTCTTACCTGTCCACTGCAGTGTTTTGCCT
GGATCCGGGTGCGCGTGGCACGAGATCTGCTGAGAAGCTATGAACAATCAAATGTGTAGCCCGCTTACGAAGAATCCAGCCCTGAATTCGGGGGCCAGTCTTCGCCGAACTCCCCCTATTGAGTGGTAAAGTGTGTGACTCCTAGTCTTT
TCACCCGAGTCGTTGAATTGTTAGGCTACAGATTTCGCATAGCCCTGATCCAAGCCTTTCTCTGAAAAGATGCGACCTGCATCACTAAGGCCAACCGTGTGTCTCTCCGACATTACGGCAGTGCCACTGATCGCTCACGAACTTGGGAAG
CCCCAAAAACTCACATGAGTATGTAGGGCAGTTTTATAGGCTGGGCCCACCCACTTGGTTAGCAAATGGCGCCTGCTCAGAACTCCTTTTACGTAAGTGGTCCCAGTGTGATGGGTCGAGTGAACAAACAAATGTTGACAATTTGCCTCG
GGGTTA

>Rosalind_6085:CGGATCTGCGTACGGTTGCGTATCCCGTTCAAATGCTCCATCACTCATCACGGAGCCACGTTCCGACCTGCCCACATCTGCGTCTAATACCACGCCAGTACTTACCACGCCGCTGGGTCTTCGAGAACGAGGCTG
AATGGGTTTCCGGGGGTGGGAAAGTAATACAAGCGTCATTCGTGAACTGGGACCATGTCATCTGGCGAAGCTATAGTGCGATCGAACTAAACGCTAATACGTCGAAACAGTCTATGGCCGTGAACTTTCTCTAGAGGGTAGGGTTCTTAG
CCCCGCCTATTACTTGAACGGATATCAAAGACAGACTTAGCATCTCTGTACCCGCCCTACTGTTGCTTCAAGTCATGCGGAGATTTGTGGGAGCTTGGTCACCTATCGGGCACATCCAGAATGGTCTTTCTCGTAGGTTGAAACAGCCGG
GATGCACGTGTGTTTTGTAGGCAAATATAGTGTTTCCGGTGCTAACTAGATTGAGGCAACTCCTATGCCAGAGCATACGGATAGAGACCGAATTGTTTATATGTGCGTTTACCCGATCAGATGCAGTACTTTGGTGGGCAATTTTAGTGA
ATTGCTCACGTGTTTTAATAACCGGTCCAAGGTTACCTCCCGCCACGTCATAGAGAAATGGGGGAGTATAGAGAGGTAGCTTCTTTCCACACTTGCTTCGAAAAGTGGCCCTCCCTAGGCCACTCCAGATCACTTCCCTCGCAGCCGATA
CTTTAAATCTGTTCTCGACTGGTTTAACGTTTTGAGCGAGATTGTGCAGGTCTATCGTCGAGTTTTAGGAGAAACCGTGGCTGTCTCAAACCGGTAGCGACCAAGTAACTTGTGTGGTGTGGCGCGTACCCCTTTTCCTTTCCGACAACA
CTGTACCCCTAGATATAGTGGAATCAGTGAATCAAGATCTACCGGGAATAGACACTCGCTTGAGAAAACATTTCCTC

Если вы хотите фактические значения, добавьте в начале файла: 

from collections import Counter

И замените d[id] = dna на d[id] = Counter(dna).Затем вы получите: 

>Rosalind_8728:Counter({'C': 236, 'A': 228, 'G': 225, 'T': 202})

>Rosalind_6085:Counter({'T': 258, 'G': 237, 'C': 236, 'A': 231})
...