Ваше самое большое препятствие - избегать двойных кавычек в FindStr, а Морковь тоже нуждается в удвоении (или это предотвратит выход следующей цитаты.)
Хм странно, я думал, что вы попросили удалить эти каталоги, так как у вас нет, я исправлю это как таковой.
ForFiles /P "c:\FileStore" /d -3 /C "CMD /C if @isdir==TRUE ( DIR /B @Path | FindStr \"^^\" >NUL || ECHO Empty Folder: @Path )"
Кроме того, поскольку вы ищете только список из них, имеет смысл убить вывод из FindStr, поэтому я добавил >Nul
обратно.
Опять же, я не уверен, как мне пришло в голову, что вы хотите удалить пустые папки старше 3-х дней, поскольку такого требования нет, часть о необходимости повторного запуска команды спорна, и я сейчас удалим dit.