make работает строго по временным меткам на файлах, и, безусловно, нет никаких планов расширять его после этого. make используется для многих вещей, кроме C, и ничего не знает о содержимом файла. Ваша сборка, вероятно, станет намного медленнее, если make будет анализировать изменения.
Вы можете хранить свою документацию в файлах заголовков и только в файлах .c, что ограничит объем того, что необходимо перекомпилировать. Я признаю, что лично я предпочитаю документировать «интерфейсные» функции в заголовочных файлах, но с точки зрения doxygen это не имеет большого значения.
Как предлагает другой, вы можете обойти эту систему, используя «прикосновение» к дате создания файла.
doxygen позволит вам оставлять комментарии во внешних файлах, но это, как правило, нежелательное решение; часть цели doxygen состояла в том, чтобы держать документацию близко к источнику.
В противном случае, я предлагаю вам исправить ваши компиляции, чтобы они были быстрее ... вы действительно не должны их бояться.