То, как вы это сделали в своем собственном ответе, очевидно, решило это. Мое предположение заключается в следующем: проблема, скорее всего, была в файле .project, поскольку он содержит всю конфигурацию, необходимую для eclipse, а сообщение об ошибке, которое вы публикуете, является индикатором того, что eclipse не знает, что делать с этими файлами.
Файл .project можно восстановить из настроек gradle, как правило, выбрав «gradle / refresh» (из памяти, из контекстного меню проекта / рабочей области в Project Explorer), который будет считывать настройки gradle и применять их в мир затмения. Это может происходить автоматически, но может также потребоваться некоторое ручное нажатие - в следующий раз вы можете попробовать это, потому что копирование случайных файлов редко является хорошей идеей. Вы можете указать на другие каталоги, находящиеся далеко за пределами вашего рабочего пространства, и удивиться, почему локальные изменения не обнаруживаются.