Я исправил проблему с обходным путем. На самом деле не решает, почему оригинальный код не работал, но выполняет то, что я пытался сделать.
Я просто добавил еще один div. Вместо того, чтобы пытаться охватить два ряда одним делением. Я просто сделал еще один div, чтобы идти ниже первого.
Разъяснение. Я добавил разметку CSS-сетки, чтобы поместить ее в столбец 3, строку 2. Там, где должен был находиться другой элемент div.
<div class="wrapper">
<div class="box print"><?php include($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . "/php-includes/grid-print.php"); ?></div>
<div class="box ad">ad</div>
<div class="box blank1">blank1</div>
<div class="box search"><?php include($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . "/php-includes/grid-search.php"); ?></div>
<div class="box logo">logo</div>
<div class="box blank2">blank2</div>
<div class="box menu">menu</div>
<div class="box content">content</div>
<div class="box rightside">right side</div>
<div class="box blank3">blank3</div>
<div class="box footer">footer</div>
</div>