Я бы попытался написать это как объединение для удаления:
DELETE t1
FROM HrAttLogsFormatted t1
INNER JOIN
(
SELECT FingerId, MIN(CreatedDate) AS MinCreatedDate
FROM HrAttLogsFormatted
WHERE DateIn = '2019-04-10' AND Late != ''
GROUP BY FingerId
HAVING COUNT(FingerId) > 1
) t2
ON t1.FingerId = t2.FingerId AND t1.CreatedDate = t2.MinCreatedDate;
Если вы действительно хотите придерживаться текущего запроса, вы могли бы заставить его работать, добавив дополнительный подзапрос вокруг WHERE IN
предложение:
AND (FingerId, CreatedDate) IN (
SELECT FingerId, MinCreatedDate
FROM
(
SELECT FingerId, MIN(CreatedDate) AS MinCreatedDate
FROM HrAttLogsFormatted
...
) x )
Но я бы использовал версию, которую я дал, потому что она проще.