Запуск каждого куска кода сразу, попробуйте использовать:
t0 <- Sys.time()
x = df[df$column_one > 0, ][1,2] / df[df$column_one > 0, ][1,1]
t1 <- Sys.time() - t0
t1
t2 <- Sys.time()
tf = df$column_one > 0
x = df[tf, ][1,2] / df[tf > 0, ][1,1]
t3 <- Sys.time() - t2
t3
Также может быть полезно запустить большой цикл с несколькими тысячами итераций, если код выполняется быстро (например, микросекунды),Вы можете запустить t-тест, чтобы увидеть, значительно ли отличаются средства.