В вашем реестре, доступном через "regedit", вы можете перейти к следующему ключу:
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run
Добавьте запись типа Reg_sz, неважно, какое имя ключа на самом деле, но в качестве значения укажите полное имя пути к вашей программе или командному файлу.