Вы использовали массив для имени блока выбора, и все три блока выбора имеют одно и то же имя, поэтому, если вы хотите сохранить все различные значения разделов, измените имя блока выбора, чтобы вы получили 2 различных массива в контроллере, или вы можете легко определить, из какого раздела его получил и сделать клиент JSON
$selected_option= array("section1"=>$this->input->post('printer1',"section2"=>$this->input->post('printer2');
$selected_option_json= json_encode($selected_option);
хранить $ selected_option_json (это строка json) в db
Надеюсь, это полезно для вас.