Таким образом, одним из больших преимуществ Rmarkdown должна быть возможность обмениваться анализами между различными форматами (постеры / презентации / документы и т. Д.) Без необходимости копировать и вставлять их. Но это все еще сложно.
Я использовал read_chunks из knitr для чтения кода из внешнего R-файла в Rmd-файл. Однако из-за характера вязания это не кажется простым. У меня уже были проблемы с попыткой загрузки данных (для Rda файлов, которые вы не можете использовать data(), вы должны загрузить данные в самом файле Rmd
Мне кажется, что я не могу распознать функцию, существующую в пакете, когда я запускаю функцию во внешнем R-файле.
Функция называется textPrep и входит в пакет EndoMineR
Вот мой код:
---
title: "TBB"
author: "Sebastian Zeki"
date: "22/04/2019"
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(here)
library(EndoMineR)
```
```{r dataImport}
load(file=here("data", "Myendo.rda"))
head(Myendo)
```
## Including Plots
```{r echo=FALSE}
read_chunk(here("inst","TemplateProject","munge", "B_DataClean.R"))
```
```{r dataClean}
View(MyPath)
```
и внешний файл (B_DataClean.R) находится здесь:
## @knitr dataClean
#Prepare the text for OGD
mywordsOGD<-c("hospital number:","patient name:","general practitioner","date of procedure:","endoscopist:","2nd endoscopist:","medications:","instrument:","extent of exam:","indications:", "procedure performed:","findings:","diagnosis:")
MyOGD<-textPrep(TheOGDReportFinal$OGDReportWhole,mywordsOGD,NegEx="TRUE",Extractor="1")
Когда я вяжу файл Rmd, я получаю сообщение об ошибке:
'... не удалось найти функцию textPrep ...'
Но если я запускаю код в файле Rmd (то есть тот же код, что и во внешнем файле), он работает нормально.
Что происходит? Наверняка должен быть более прямой путь ...?